心脏血管疾病中心是西区医院全力打造的八大临床中心之首，技术实力处于重庆市先进水平。中心紧跟世界医学技术前沿，努力打造全国知名的技术领先、诊疗精准、服务优质的区域性心脏血管疾病医疗中心
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消化疾病中心由著名外科专家梁平教授担任中心主任，汇集陆军军医大学西南医院、新桥医院、大坪医院的普外科、肝胆科、消化科教授组成专家团队。
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神经疾病中心由陆军军医大学大坪医院神经内科、神经外科、睡眠心理学科的知名教授组成，学术团队技术实力雄厚。
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泌尿肾病中心包括泌尿外科、肾脏内科、血透中心三大业务板块，是我院重点发展的临床学科。中心引进冯嘉瑜教授（原陆军军医大学新桥医院全军肾病中心副主任）、王代红教授（原陆军军医大学新桥医院全军肾病中心肾内科教授）分别作为泌尿外科和肾脏内科学术学科带头人。中心专家团队较强，医疗技术特色明显，新技术开展项目多，中心配置大量高端医疗设施设备。
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呼吸与危重症医学科是重庆市临床重点专科，重庆市区域重点学科，重庆市尘肺康复站试点建设单位，九龙坡区呼吸医疗质量控制中心指定单位。科室引进原陆军军医大学新桥医院呼吸科专家林科雄教授为学术学科带头人，在林科雄、万耘主任的带领下，科室在介入肺脏病学、慢病管理及康复、尘肺、疑难病人诊治及危重病人救治等方面特色鲜明。在重庆市有较大影响力。
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胸外科是重庆西区医院重点打造的集临床医疗、教学、科研、防治一体的临床诊疗中心。
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妇产科秉承“呵护女性幸福家庭”的理念，以“高品质产科、微创妇科”为特色；业务范围全面，涵盖普通产科、普通妇科、妇科肿瘤、盆底医学、生殖健康与不孕症诊疗、计划生育服务等妇产科各专业。依托陆军军医大学第二附属医院（新桥医院）专家及院内“多学科综合治疗(MDT)”诊疗特色的一支医教研协同发展的高水平人才团队。
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西区医院儿科是九龙坡区规模较大、学科齐全的儿科，具有较高的儿童疾病救治、诊疗水平。科室秉承“以患儿为中心开展规范诊疗”原则，开设儿科门诊、急诊、儿内科住院病区、新生儿住院病区、儿童保健门诊以及儿科中医门诊。开放床位125张，其中玉清寺病区60张，西区医院病区65张（含新生儿监护室床位20张）。科室先后获得“全国巾帼文明示范岗”、九龙坡区“青年文明示范岗”。
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