心脏血管疾病中心
心脏血管疾病中心是西区医院全力打造的八大临床中心之首，技术实力处于重庆市先进水平。中心紧跟世界医学技术前沿，努力打造全国知名的技术领先、诊疗精准、服务优质的区域性心脏血管疾病医疗中心

消化疾病中心
消化疾病中心由著名外科专家梁平教授担任中心主任，汇集陆军军医大学西南医院、新桥医院、大坪医院的普外科、肝胆科、消化科教授组成专家团队。

神经疾病中心
神经疾病中心由陆军军医大学大坪医院神经内科、神经外科、睡眠心理学科的知名教授组成，学术团队技术实力雄厚。

泌尿肾病中心
泌尿肾病中心包括泌尿外科、肾脏内科、血透中心三大业务板块，是我院重点发展的临床学科。中心引进冯嘉瑜教授（原陆军军医大学新桥医院全军肾病中心副主任）、王代红教授（原陆军军医大学新桥医院全军肾病中心肾内科教授）分别作为泌尿外科和肾脏内科学术学科带头人。中心专家团队较强，医疗技术特色明显，新技术开展项目多，中心配置大量高端医疗设施设备。

呼吸与危重症医学科
呼吸与危重症医学科是重庆市临床重点专科，重庆市区域重点学科，重庆市尘肺康复站试点建设单位，九龙坡区呼吸医疗质量控制中心指定单位。科室引进原陆军军医大学新桥医院呼吸科专家林科雄教授为学术学科带头人，在林科雄、万耘主任的带领下，科室在介入肺脏病学、慢病管理及康复、尘肺、疑难病人诊治及危重病人救治等方面特色鲜明。在重庆市有较大影响力。

胸外科
胸外科是重庆西区医院重点打造的集临床医疗、教学、科研、防治一体的临床诊疗中心。

妇产科
妇产科秉承“呵护女性幸福家庭”的理念，以“高品质产科、微创妇科”为特色；业务范围全面，涵盖普通产科、普通妇科、妇科肿瘤、盆底医学、生殖健康与不孕症诊疗、计划生育服务等妇产科各专业。依托陆军军医大学第二附属医院（新桥医院）专家及院内“多学科综合治疗(MDT)”诊疗特色的一支医教研协同发展的高水平人才团队。

儿科
西区医院儿科是九龙坡区规模较大、学科齐全的儿科，具有较高的儿童疾病救治、诊疗水平。科室秉承“以患儿为中心开展规范诊疗”原则，开设儿科门诊、急诊、儿内科住院病区、新生儿住院病区、儿童保健门诊以及儿科中医门诊。开放床位125张，其中玉清寺病区60张，西区医院病区65张（含新生儿监护室床位20张）。科室先后获得“全国巾帼文明示范岗”、九龙坡区“青年文明示范岗”。

肿瘤科
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骨与创伤中心
西区医院骨科是集脊柱外科、关节外科、创伤骨科为一体的临床科室，是九龙坡区内第一批临床重点专科，每年手术量500余台次。

急诊医学科
急救医学科是重庆西区医院的重点建设学科，是集院前急救、院内救治、重症监护、急救培训为一体的区域性三级急救中心，是重庆急救医疗服务体系的重要组成部分，是区域性急诊急救技术培训基地。

麻醉科
西区医院麻醉科手术室现拥有医护人员共37名。科室业务骨干曾先后到重庆医科大学第一附属医院,陆军军医大学附属西南医院、新桥医院麻醉科进修学习。现拥有全封闭层流洁净手术间18间,其中百级手术间4间,体外循环手术间1间,防辐射手术间4间,负压手术间1间,均配有多功能空气净化系统及数字化控制面板,为各类手术提供舒适、洁净、高效的手术环境。

耳鼻咽喉科
耳鼻咽喉头颈外科是重庆市耳鼻咽喉头颈外科跨区域联盟理事单位，九龙坡区医学特色专科，在主城西区享有良好的声誉。

眼科
眼科是重庆西区医院打造的特色专科，开展了各种复杂白内障、眼底血管照影、玻璃体腔注药抗VGEF治疗、眼部医学性整容和功能性美容手术、YAG激光治疗等项目，在主城享有良好的声誉。

口腔科
口腔科接续九龙坡区第二人民医院在华岩新城片区的儿童口腔疾病综合干预项目任务，是重庆市口腔医学会口腔颌面外科专委会委员单位，口腔医学专科实习基地。口腔门诊在西区医院和玉清寺院区同时开诊，对口腔颌面部疾病临床诊疗经验丰富。

烧伤创疡科
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肛肠科
肛肠科是以“中西医结合诊疗模式”为特色的专业学科,以临床医疗为主,教学、科研并重,与陆军军医大学附属医院、重庆市中医院等保持着密切的学术交流与合作，利用成渝双城经济圈桥头堡的优势，不断拓展交流合作领域,创新技术,初步形成“特色鲜明、技术领先、口碑良好”的特色医疗技术学科。

皮肤科
重庆西区医院皮肤科，本着“始于关怀、基于专业、终于满意”的医疗服务理念，坚持中西医结合的发展模式，配合现代医疗新技术开展皮肤病、性病、皮肤美容等临床诊疗工作。科室配备进口Fotona Q-Max(欧洲之星)激光、二氧化碳激光、强脉冲光、独角兽痤疮治疗仪、进口808激光冰点脱毛仪、VISA皮肤检测仪、德玛莎水光针、红蓝光治疗仪等皮肤美容设备。

康复医学科
引进原陆军军医大学西南医院康复科专家刘青山为学术学科带头人，将传统中医技术与现代康复技术相结合，在各种急、慢性颈肩腰腿疼痛、中医内科疾病（内、外、妇、儿）、骨折的中医保守治疗、骨折及内科疾病后期功能康复等方面形成了自己的特色。。

健康管理中心
健康管理（体检）中心成立于2019年(原九龙坡区第二人民医院)，是集健康体检、健康评估、健康促进于一体的一站式健康服务机构。

重症医学科（ICU）
重症医学科(ICU)是中国重症超声研究组成员单位，重庆市重症医学质控中心成员单位、重庆市九龙坡区重症医学质控中心副主任单位，承担着全院危重患者的救治工作。